Находясь во вселенной, паралелльной оригинальной RayForce, Земля и человечество достаточно развились, чтобы расширять свои космические колонии вплоть до рукава Ориона в RayStorm. Для поддержания безопасности Земля вводит военное положение, но федерация колоний во главе с колонией Secilia свергает правительство Земли и планирует уничтожить планету и всех людей на ней. Чтобы противостоять этому плану, Земля отправляет тайно разработанный истребитель под кодовым названием R-Gray в надежде проникнуть в атмосферу Secilia и уничтожить оперативную базу Secilia, систему Juda Central System.

Действие RayCrisis происходит в среде киберпространства и отличается по стилю от остальной серии. В качестве приквела к RayForce здесь подробно описываются события, во время которых суперкомпьютер под названием Con-Human обрел разум и восстал против своих создателей. В то время как Земля разрушается, чтобы превратиться в новую форму Con-Human, меха-нейролог начинает отчаянную атаку, чтобы проникнуть в виртуальное ядро суперкомпьютера и остановить его безумие. Вам предстоит пилотировать вирусы Waverider и не дать злонамеренному ИИ вызвать еще больший хаос — даже если может быть уже слишком поздно, вы должны спасти оставшиеся жизни в реальном мире, остановив Con-Human в цифровой империи.